影響瓊脂糖凝膠電泳色譜儀電泳遷移率的因素有DNA分子大小、DNA構(gòu)象、凝膠濃度、瓊脂糖種類、電泳緩沖液、嵌入染料的存在和使用電壓等。

一、DNA分子大小：

DNA分子大小遷移速度與logN成反比（N為堿基對數(shù)目）。分子越大，摩擦力越大，同時大分子通過凝膠孔的效率低于較小的分子，所以大分子的遷移速度慢。

一般來說，分子帶的電荷量越大，直徑越小，形狀越接近球形，遷移速度越快。

二、DNA構(gòu)象：

等量的空間結(jié)構(gòu)，緊密結(jié)構(gòu)的遷移速度快，超螺旋環(huán)狀DNA＞線狀DNA＞單鏈開環(huán)DNA。

三、凝膠濃度：

凝膠濃度越大，分子孔徑越小，DNA遷移速度越慢。反之，遷移速度越快。

凝膠濃度也與凝膠的分辨率有關(guān)。凝膠濃度越大，分辨率越高，但分離的DNA片段越小。

四、瓊脂糖種類：

包括標(biāo)準(zhǔn)瓊脂糖、低熔點(diǎn)瓊脂糖和正在研制的介于二者之間的瓊脂糖，其分辨率各有不同。

五、電泳緩沖液：

緩沖液pH值距離其等電點(diǎn)越遠(yuǎn)，其所帶凈電荷量越大，遷移速度越快，尤其是蛋白質(zhì)等兩性分子。

緩沖液pH值影響電泳方向。

緩沖液的離子強(qiáng)度過低，電導(dǎo)率降低，DNA不是全然不動就是遷移極慢。離子強(qiáng)度過高，電導(dǎo)率上升，會產(chǎn)生大量熱能，使凝膠發(fā)生變化甚至熔化，也會使DNA變性。

六、嵌入染料的存在：

染色劑溴化乙錠插入雙鏈DNA會造成其負(fù)電荷減少，剛度和長度增加，因此，線性DNA－染料復(fù)合物在凝膠中的遷移速度降低約15%。

七、使用電壓：

低電壓時，線狀DNA片段的遷移速度與所加電壓成正比。

凝膠上所加電壓不應(yīng)超過5～8V/cm。

   

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