典型的反相鍵合相色譜儀是采用非極性鍵合相和極性流動(dòng)相組成的色譜體系，固定相常用十八烷基（ODS或C₁₈）鍵合相，流動(dòng)相常用甲醇－水或乙腈－水。非典型反相鍵合相色譜儀是采用弱極性或中等極性鍵合相和極性大于固定相的流動(dòng)相組成的色譜體系。反相鍵合相表面具有非極性烷基官能團(tuán)和未被取代的硅醇基，硅醇基具有吸附性能，剩余硅醇基的多寡視覆蓋率而定。目前，反相鍵合相色譜儀的分離機(jī)制還沒有一致的看法，大致有兩種觀點(diǎn)：一種認(rèn)為屬于分配色譜，另一種認(rèn)為屬于吸附色譜。

一、分配色譜的分離機(jī)制：

分配色譜的分離機(jī)制是假設(shè)混合溶劑（水 + 有機(jī)溶劑）中極性弱的有機(jī)溶劑吸附于非極性烷基配合基表面，組分分子在流動(dòng)相中與被非極性烷基配合基所吸附的液相中進(jìn)行分配。

二、吸附色譜的分離機(jī)制：

吸附色譜的分離機(jī)制可用疏溶劑理論解釋。疏溶劑理論把非極性烷基鍵合相看作是在硅膠表面上覆蓋了一層鍵合的十八烷基的分子毛，分子毛具有強(qiáng)疏水特性。當(dāng)用水和有機(jī)溶劑組成的極性溶劑為流動(dòng)相分離有機(jī)化合物時(shí)，一方面，非極性組分分子或組分分子的非極性部分，由于疏溶劑作用將會(huì)從水中被“擠”出來，與固定相上的疏水烷基產(chǎn)生締合作用，使組分分子在固定相上得到保留。另一方面，被分離物的極性部分受到極性流動(dòng)相的作用而離開固定相，保留值減小，此即解締過程。這兩種作用力之差決定了組分分子在色譜中的保留行為。

一般來說，固定相上的烷基配合基或組分分子中非極性部分的表面積越大或流動(dòng)相表面張力和介電常數(shù)越大，締合作用越強(qiáng)，分配比k越大，保留值越大。在反相鍵合相色譜中，極性大的組分先流出，極性小的組分后流出。

   

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